山东省高等教育管理科学研究会自1989年8月创立伊始，建有理事会及秘书处至今。研究会为法人社团，一般每5年召开一次会员代表大会换届，商议研究会章程，选举产生新一届理事或理事单位；再由每届首次理事会，推选出本届正副理事长、秘书长，议定副秘书长，助理秘书长和内设各机构主要负责人。原则上各届理事会正副理事长、秘书长候选人需报研究会主管部门山东省教育厅党组议准后提交会员代表大会选举；其中，省管党政领导干部兼任研究会理事与理事负责人，尚需经所在单位党委会议定，报请山东省委组织部予以批复。研究会自1989年底始挂靠当时的山东教育学院，延续到2010年该院更名为齐鲁师范学院后至今，其秘书处也一直常设未变。

研究会秘书处系历届理事会日常工作办事机构，由研究会秘书长为主要负责人。其职责主要是：指导协调各内设机构开展工作，领导各办事机构处理日常事务；提名研究会副秘书长、助理秘书长和所属内设机构主要负责人人选报请理事会决定，并选定研究会专职工作人员；拟定研究会年度工作报告与工作计划和年度财务预结算报告，报理事会审议；拟定内部管理制度报理事会批准；处理研究会其他日常事务。

根据社团登记管理机关山东省民政厅要求，研究会秘书处于2009年10月建立了党支部至今。随后，又在各分支机构秘书处建立了分支部。研究会及所属各分支机构秘书处党组织，以党建引领业务发展，坚持把握正确的政治方向与学术导向，不断深入践行社会主义核心价值观，并持续强化社团政治建设、思想建设、组织建设和作风建设，更好助推研究会围绕中心，服务大局、服务高校、服务地方。