山东省高等教育管理科学研究会于2006年1月始设立综合协调部、组织联络部、宣传咨询部、学术交流部、调研培训部等为研究会日常办事机构，并建有研究会秘书处办公室；2016年9月增设了合作发展部、督导评估部；2021年12月，又对办事机构整合为"四部一室"，即联络协调部、学术合作部、宣传督导部、调研评估部和综合办公室，在研究会秘书处指导下开展各项工作与处理日常事务。

研究会现设置的日常办事机构，有各自的职责，所承担的事务性工作亦有所侧重。

联络协调部：负责配合研究会各片区联络处，协同做好与各团体会员单位（高校）联络人员沟通协调；助力研究会秘书处抓好内外联系与协作；认真贯彻落实上级部署并按时完成领导交办事宜。

学术合作部：负责配合研究会学术委员会，协同做好科学研究规划和学术活动策划与科学普及工作，协助研究会秘书处抓好内外学术合作与科研项目测评；认真贯彻落实上级部署并按时完成领导交办事宜。

宣传督导部：负责与研究会各内设机构，协同做好党和国家方针政策及相关法规与社团工作活动的宣介和研究会部署安排的督查与引导；协助研究会秘书处抓好各方面对外传播与把关；认真贯彻落实上级部署，并按时完成领导交办事宜。

调研评估部：负责与研究会内外有关部门单位，协同做好围绕学术社团建设与发展调研和相关事项论证与探测；协助研究会秘书处抓好绩效评估和与风险预判；认真贯彻落实上级部署，并按时完成领导交办事宜。

综合办公室：负责与研究会各内设机构，协同做好会务、公文拟制、档案资料收存和走访与接待、财务管理与报告和印章与文件管理等；协助研究会秘书处抓好上传下达、内外联系与服务安排和组织架构与人员调整；认识贯彻落实上级部署，并按时完成领导交办事宜。

研究会所设日常工作职能部门主要负责人，一般由研究会副秘书长兼任。